数朝从款走烟霞，纵意凭栏看物华。
百尺楼台通鸟道，一川烟雨属僧家。
直须心逸方为乐，始信官荣未足夸。
此景得游无事日，也宜知幸福无涯。

　　嗜学有行
　　吕公著从小好学，以至废寝忘食。父亲吕夷简对他器重惊异，说：“今后必定为王公辅臣。”后因恩荫补任奉礼郎，并进士及第，召试馆职，没有赴任。任颍州通判，知州欧阳修与他结为讲学之友。后来欧阳修出使契丹，契丹皇帝询问宋朝学问德行之士，欧阳修首先以吕公著回答。后判吏部南曹，宋仁宗奖许吕公著淡于名利，赐给五品官服。又被任命为崇文院检讨、同判太常寺。寿星观营造真宗神御殿，吕公著说：“先帝已经有三神御殿，但不停地建立，岂不是祭祀没有丰厚父庙之义。”后进官知制诰，三次上疏辞谢。改任天章阁待制兼侍读。
　　濮议之争
　　宋英宗亲政时，加吕公著为龙图阁直学士。当时正议论追崇英宗生父濮王赵允让，有人建议称呼濮王为皇伯考，吕公著说：“这是真宗来称呼太祖的，怎能施于濮王。”等到下诏称亲，而且分赐讳号，吕公著又说：“称亲则有两个父亲的嫌疑，濮王讳可以避于陛下面前，不应与七庙同讳。”吕诲等人因此事被调离朝廷，吕公著说：“陛下即皇位以来，纳谏之风没有彰扬，而且多次贬退谏官，何以风示天下？”英宗未听从。吕公著便请求补外任，英宗说：“学士为朕所器重，怎能离开朝廷？”吕公著一直请求，被任命为蔡州知州。
　　因时劝谏
　　治平四年（1067年），宋神宗赵顼即位，召吕公著为翰林学士、知通进银台司。当时司马光因论事被解除御史中丞之职，回到经幄。吕公著封还诏命说：“司马光因举职赐罢，这是为有言事职责的人不能尽其言。”诏令以告示形式直接交付阁门。吕公著又说：“制命不由门下省，那么封驳的职责，因臣而废弃。希望陛下治臣的罪，来端正纪纲。”神宗示谕他说：“之所以流放司马光的原因，是依赖他劝学而已，不是因为言事的缘故。”吕公著一直请求，最后被神宗解除了知通进银台司之职。
　　熙宁（1068年—1077年）初年，吕公著任开封知府。当时夏秋久雨，开封发生地震。吕公著上疏说：“过去人君遇灾，有的恐惧以致福，有的简诬以致祸。陛下以至诚待臣下，那么臣下思虑尽诚以回报，上下至诚而变异不消失的，从来没有。做人君主的只有除去偏听独任的弊端，而不被先入之语所蒙蔽，那么就不会被邪说所乱。颜渊问为邦国之道，孔子答以疏远奸佞之人为戒。大概奸佞之人惟恐不顺合君意，那么其势必容易亲近，正直的人惟恐不符合大义，那么其势必容易疏远。只有首先格王端正此事，没有事正而世不治理的。”礼官遵用唐代旧例，请求神宗五月临御大庆殿接受朝拜，因而上尊号。吕公著说：“陛下正超越汉、唐，追复三代，何必在阴盛的日子，为不符合礼义的朝会，接受无益的虚名？”神宗采纳了他的意见。
　　争论青苗
　　熙宁二年（1069年）二月，吕公著奉命编修《英宗实录》。六月，任御史中丞。
　　熙宁三年（1070年），当时王安石正颁行青苗法，吕公著极言道：“自古以来有作为的君主，没有失去人心却能图治，也没有能胁之以威、胜之以辩却能得人心的。过去所谓的那些贤能之人，现都认为青苗法是不对的，但发出议论的人把这一切诋毁为流俗浮论，难道过去都是贤能而现在都是不肖吗？”王安石对他的话感到愤慨。神宗让他荐举吕惠卿为御史，吕公著说：“吕惠卿固然有才能，但奸邪不可以任用。”神宗把这话告诉王安石，王安石更加愤慨，诬陷吕公著恶语中伤，神宗于四月初八贬吕公著为颍州知州。
　　熙宁八年（1075年），彗星出现，神宗下诏求取直言。吕公著上疏说：“陛下临朝希望治理国家，时日已经很久，但左右前后，没有人敢直言。致使陛下有想治理天下的雄心，但没有致治之实，这是任事大臣辜负了陛下。大概士人的邪恶正直、贤能不肖，已经素定了。现在则不是这样，前不久所荐举，认为是天下最贤能的人；但后来被贬逐，认为是天下最不肖的。其于人才既然反复无常，那么于政事也违背常理不加审慎了。古代为政，开始不为百姓所信服的有之，像子产治理郑国，一年后人们怨恨，三年后人们歌颂。陛下垂衣拱手希望成功，于此七年，但众人的陈述，与以前相比也没有什么不同，陛下难道没有察觉吗？”
　　后被起用知河阳军，入朝提举中太一宫，调任翰林学士承旨，改任端明殿学士、知审官院。神宗慢慢同吕公著谈论为治之道，便涉及佛老之学，吕公著问道：“尧、舜知道此道吗？”神宗说：“尧、舜难道不知道？”吕公著说：“尧、舜虽然知此，但惟独认为知人安民是难事，所以成为尧、舜。”神宗又说唐太宗能以权智驾御臣下。吕公著回答说：“唐太宗之德，以能屈己从谏而已。”神宗对他的话表示赞许。
　　元丰元年（1078年）九月十四日，吕公著与枢密直学士薛向同知枢密院事。有人打算恢复肉刑，建议取死囚试验劓刑、刖刑，吕公著说：“如果尝试这些还不死，那么肉刑就会实行了。”便停止。当时西夏梁太后幽禁夏惠宗李秉常，朝廷将要大举征讨西夏。吕公著说：“兴问罪之师，当首先选择主帅，如果没有合适的人，不如不举兵。”等到兴兵时，秦、晋二地民力大困，群臣们不敢上言，吕公著多次上奏兴兵的害处。
　　元丰三年（1080年）九月二十九日，吕公著任枢密副使。
　　元丰五年（1082年），吕公著因病乞求离职，于四月二十六日被罢为资政殿学士、定州安抚使。不久，永乐城陷落（即永乐城之战），神宗临朝叹息说：“边地百姓疲敝如此，只有吕公著向朕说过而已。”便移其为扬州安抚使，加资政殿大学士。将要立太子赵佣（即宋哲宗赵煦）时，神宗对辅臣说，应当以吕公著、司马光任师傅（指太子太保、太子太傅等）。
　　守成良相
　　元丰八年（1085年）三月初五，哲宗即位，由太皇太后高氏（高滔滔）听政，守旧派再度执政。吕公著以侍读的身份返回朝廷。高太皇派使臣迎接，询问他所想要说的，吕公著说：“先帝本意，以宽省民力为先务。但建议的人以变法侵夺百姓为务，斥去所有与自己意见不同的人，因此日久而弊端更深，新法颁行而百姓更加困苦。诚然能得公允正直之士，讲求天下利弊，同心协力而为之，应该不难。”
　　吕公著到朝廷后立即上十事疏，认为人君即位，要修德以安百姓，修德最要紧的也是首先要办的是“学”。有十件事最为重要，这十件事是：畏天、爱民、修身、讲学、任贤、纳谏、薄敛、省刑、去奢、无逸。又请求备置谏官，以开言路。同年七月初六，拜尚书左丞。
　　元祐元年（1086年）闰二月初四，拜门下侍郎。同年四月十五日，吕公著被授予尚书右仆射兼中书侍郎。
　　当时中书、门下、尚书三省一同建置，中书独为取旨之地。吕公著就请求事于三省者，与执政大臣共同进呈，取旨而各自实行。又执政官员通常几天在政事堂一聚，事情多由其长官决定，同事不得干预。至此，才命每天集聚，于是成为定制。
　　同年，司马光去世，吕公著独自当权。当时右司谏贾易因进谏攻击别人短处直接诋毁朝廷大臣，将要被严厉责罚，吕公著替他说话，便只罢知怀州。吕公著退朝后对同僚说：“谏官所议论，得失不足言。看主上正值壮年，担心今后有人进谀说惑乱，正是依赖左右诤臣，不可以让人主轻厌言事的人。”众人没有不叹服的。
　　吐蕃首领鬼章青宜结长期为洮、河一带的祸患，他听说朝廷息兵省戍，暗地与西夏人合谋再取熙、岷州。吕公著上疏派遣军器丞游师雄以方便之策谕求众将，不过一个月，就活捉鬼章青宜结致于朝宫下。
　　哲宗在资善堂宴请亲近大臣，拿出所书写的唐人诗分赐给众人。吕公著就聚集所讲书中要语明白、切合于治道的，共一百篇进献，以备哲宗游意翰墨，作为圣学的帮助。
　　辞位薨逝
　　元祐三年（1088年），吕公著恳辞相位，于四月初五被任命为司空、平章军国重事。自宋朝建立以来，宰相以三公平章重事的有四人，而吕公著与他的父亲吕夷简居其二，士人羡慕吕氏的荣耀。哲宗下令在东府南面建造府第，开北门，来方便执政大臣聚会议事。凡是三省、枢密院的职责，吕公著都得署理。每隔一天一朝会，到都堂，可不按时出门，这是特殊的恩典。
　　元祐四年（1089年）二月初三（3月17日），吕公著逝世，终年七十二岁。高太后于接见辅臣时哭泣说：“国家不幸，司马相公（司马光）已死，吕司空又逝世。”痛惜怜悯许久。哲宗也悲痛感伤，亲到吕家祭奠，赐给金帛万计。追赠太师、申国公，谥号正献，亲自书写墓碑首为“纯诚厚德”。
　　屡复屡夺
　　绍圣元年（1094年），章惇为相，任命翟思、张商英、周秩任言官，议论吕公著更变熙丰法度，哲宗于七月十八日下诏削除他的赠谥，毁坏所赐碑。
　　绍圣四年（1097年）二月初四，哲宗再贬吕公著为建武军节度副使、昌化军司户参军。
　　元符元年（1100年）五月二十三日，新即位的宋徽宗追复吕公著为太子太保。
　　崇宁二年（1103年）四月十九日，蔡京任右相时，徽宗下诏毁掉吕公著等人在景灵西宫的画像。又降为左光禄大夫，并吕公著等人称为“元祐党人”，刻元祐党人碑，禁止元祐学术。不久复赠银青光禄大夫。
　　宋高宗绍兴（1131年—1162年）初年，封还吕公著的所有赠谥。

　　元祐当国
　　吕公著与司马光同属旧党，司马光在当政后，“尽废新法”。而司马光死后，吕公著继续采用司马光的做法，但他与司马光对于新法具体内容看法也有一些差别。吕公著对保甲法有保留，认为“止就冬月农隙教习，仍委本路监司提按，既不至妨农害民，则众庶稍得安业”。对此，司马光有非议，认为保甲法为害于民，应该“一切废罢”。 
　　吕公著在科举上要求经义参用古今诸儒之说，不得专以王安石的“三经新义”取士，也不得出题涉及佛老内容，不得以申、韩和佛学为学；恢复贤良方正科。《童蒙训》称其“专以荐贤为务”，他主政时，举荐了孙觉、李常、王存、顾临、程颢、张戬等人。
　　开启吕学
　　在宋代学术史上，吕公著开启了吕学端绪。吕公著一门登在《宋元学案》者有七世17人。吕公著重视教育，他在颍州时，欧阳修为颍州知州，焦千之客寓欧阳修处，吕公著招请焦氏为诸子之师。这个家族中，内有吕公著夫妇督导，外有焦千之等人的严格教育。他还多方聘请名师，吕氏家教促成吕学学风的形成。清人黄百家说：“吕氏家教近石氏，故谨厚性成。又能网罗天下贤豪长者以为师友，耳濡目染，一洗膏粱之秽浊，惜其晚年更从高僧游，尽究其道，斟酌浅深而融通之”。吕学至南宋吕祖谦而发扬光大，其流风所及，直至明清。
　　思想主张
　　吕公著自年轻时讲学，以治心养性为本，讲说尤精，语约而理尽。主要门人有邢居实及子吕希哲、吕希绩、吕希纯。他主张以儒学治国，称《论语》、《尚书》“皆圣人之格言，为君之要道。”从《论语》、《尚书》、《孝经》等儒家经典中，节治道要语百篇进呈。要求君主以“畏天命、爱民、修身、讲学、任贤、纳谏、薄敛、去奢、省刑、无逸”为座右铭。强调自古有为的君主，未有失人心而能图治；亦没有能用威胁、强辩而得人心者。应修德以安民。修德之要，莫先于学。君应以至诚待下，则臣下思尽诚以应上，上下至诚而变异未有不消者。只有人君去偏听独任之弊，而不主先人之语，则不为邪说所乱。颜渊问为邦，孔子以远佞人为戒。佞人惟恐不合于君，则其势易亲；君子惟恐不合于义，则其势易疏。故应先格王正事，未有事正而不治者。

　　不仗父势
　　吕夷简主政时，吕公著从故乡寿州来京应试，他穿戴破旧，谦让如同寒门子弟一样，见到他的人虽然喜欢他的仪容举止，却也并未感到惊奇。等到他离开后，经询问得知是吕公著，才惊讶感叹。
　　以牙还牙
　　吕公著曾以翰林学士身份馆伴契丹使者，使者颇为凶悍狡黠，与吕公著谈论时多次谈及北宋朝廷政事。吕公著也选了一段契丹的隐密询问说：“北朝（契丹）曾经试进士，出《圣心独悟赋》，赋没有出处，为什么呢？”使者感到谔然而说不出话。
　　简重清静
　　吕公著为人庄严持重，心性纯正恬静，大概是天性使然。他平日居处时无疾言厉色，对于歌舞钱财荣耀，淡泊无所喜好。暑热时不挥扇，寒冷时不烤火，并影响了其婿范祖禹、孙婿赵演。
　　与王安石
　　吕公著年轻时与王安石交好，王安石待他如兄长，王安石能言善辩，没有人与之抗衡，唯独吕公著能以精辟的见识和简洁的言语制服他。王安石曾说：“疵吝每不自胜，一到长者面前，即废然而反，这就是说使人打消自己的念头，这一点在吕公著那儿体现得最充分。”又曾对人说：“吕公著为相，吾辈可以谈论做官了。”后来王安石得志，受到重用，以为吕公著必定会帮助自己，但吕公著却数次公开上言，陈述他的过失，因此二人交情不终。
　　八字铭言
　　吕公著曾于坐右写“不善加己，直为受之”八字。
　　颇好禅理
　　吕公著素来喜好佛学，等到他为相后，追求施政不繁苛，很少与士大夫交谈，只有能够谈论禅理的，大多能够随从为客。热衷于仕进的人往往戴幅巾、穿道袍，天天游于禅寺，模仿僧人、谈说理情，来标榜自己。司马光素来不喜佛，吕公著常常劝他多留意，并说：“所谓的佛，学习的人只是崇尚它的观点的简要罢了，并非一定要每件事都要熟习，做方外人啊。”